Terdapat tiga kaedah untuk pengaturcaraan alat mesin CNC: pengaturcaraan manual, pengaturcaraan automatik, dan pusat pemesinan CAD/CAM.
Pengaturcaraan Manual: Ini melibatkan menganalisis lukisan bahagian secara manual, teknik pemprosesan, melakukan pengiraan berangka, menulis senarai atur cara, dan memasukkan dan mengesahkan atur cara. Ia sesuai untuk pemesinan titik-ke-mata atau bahagian dengan geometri yang agak mudah; walau bagaimanapun, ia sangat memakan masa-dan terdedah kepada ralat apabila memprogram bahagian yang kompleks.
Pengaturcaraan Automatik: Ini melibatkan penggunaan komputer atau mesin pengaturcaraan untuk melengkapkan proses penciptaan atur cara bahagian. Ia sangat mudah untuk bahagian yang kompleks.
CAD/CAM: Ini menggunakan perisian CAD/CAM untuk mencapai pengaturcaraan automatik berdasarkan pemodelan dan imej. Perisian yang paling tipikal ialah MasterCAM, yang boleh memprogramkan operasi pengilangan menggunakan dua-paksi, tiga-paksi, empat-paksi dan lima-sistem koordinat paksi, serta EDM pusingan dan wayar. Walaupun jenis perisian ini mempunyai fungsi terhad, ia mudah dipelajari dan agak murah.
